1925年秋，感于普通学子读书的艰难，福清地方上爱国爱乡的有识之士，力主兴办自己的中学。在以同盟会元老郑忾辰老先生为首的乡贤们的大力支持下，决定将“福清县第一小学”“福清华侨小学”附设的初中班合并为“福清县立初级中学”，时称“县中”。初时，租赁高巷陈家祠堂为校舍，后迁明德书院。委林舫孙、吴志陶、吴国华三位先生分任总务、教学、训育三课主任，实行委员制。设国文、英语、数学、音乐、美术、劳作、体育等课程，聘有名望的教员执教。
1927年，经过与美国教会抗争，收回贫儿院，作为校本部，从此县中才有较完整的校舍。省厅正式承认为公立中学，改委员制为校长制，任命郑毓和先生为第一任校长。学校班级生数逐步增加，各方面配备也逐步得到充实，学校初具规模。
1928年，郑毓和调离县中。郑永祥为第二任校长，他进一步整顿校风、学风，并附设乡村师范班一个班。
1930年，陈汝翼先生为第三任校长。他远涉重洋，募得大笔资金，增建“慨尘楼”一座，可容160人寄宿生。陈先生尊师重教，同仁协心，学校呈现兴旺状态。
1934年，中日战争爆发在即，因应“教育救国和实业救国”思潮，学校被改为“福清县立初级职业学校”，收商、农专业四个班。
1936年王子吉任县中第四任校长，在其糟蹋下，学校命脉几断，十年惨淡经营的县中，几乎断送在他手中。
1937年8月，在林舫孙、陈云官及地方乡贤多方艰难努力下，恢复了学校，又改名为“福清初级中学”。分别由徐君梅先生和陈应平先生出任第五、第六任校长。这两位校长虽然在任时间不长，但因其治学严谨，教育质量仍然值得称道。
1941年，福清沦陷，县中亦遭日寇铁蹄蹂躏，成了兵营和军火库，不到两年时间，校址迁移三处：先是迁到渔溪黄檗寺，继而搬到阳下，旋又移到溪前。这一阶段，学校生员锐减，且图书、资料、教学设备在迁徒过程中流失甚多。学校领导层亦不稳定，不到三年时间校长换了四任，教学秩序混乱，遑论教育质量和建树了。
1943年，日军撤退，学校却被福长平保安部队占为兵营，疏散的师生依然有校难归，教学主楼（即现在办公楼旧址）因日寇留下的地雷爆炸，楼的东半部倒塌。地方乡贤再一次募款修建教学楼，又添置了一批急需设备，县中才逐渐恢复了旧观。
1943年，郑伯聪先生为县中第十一任校长。郑先生尊师爱生，学校工作日有起色，教育质量也有所提高。
1943年8月，由郑忾辰老先生出面，召集福清热心教育人士王文杰、刘天仇、戴圣昌、时佩丹、吴承铭等20余人，商议创办高中学校事宜。在争取到“文昌阁”和“奎光阁”两社支持后，决定创办“福清县私立文光中学”，并公推郑老先生为董事长，聘请协和大学理学士陈霖苍先生为校长。定校址于凤凰山麓万寿寺（即“三官堂”）又借赁杨厝祠和龚厝祠为员生宿舍。因当时省厅不允许私立学校办高中，所以先以职业学校备案，暂设农、商两科，分高初两级，共四个班，招生170余人，于是年10月正式上课。第二年，专、兼任教师共有30人，学生增加338人。由于办学成绩明显，遂于1947年，被省厅正式批准，改为普通高中，至此，福清始有第一所高中学校。
1945年，俞谨（慎初）先生接任文光中学校长。经他苦心经营，多方奔走，劝募经费及谷物，于1946年建“慨尘斋”一栋，使文光中学能在困境中得以维持和发展。
1944年秋，“私立闽海初级中学”创办，校址设在城隍庙。金陵农业大学学士陈绍辉等人慷慨解囊，支持办学经费，由林朝玑担任董事长，陈绍辉担任副董事长兼校长。1946年秋，陈云官出任校长。学校专、兼职教员近20人，最多时，招收六个班，最多时学生达300人。由于师勤、学勤、社会声誉好，1947年获省厅批准立案。但因时局混乱，办学经费不能支持，学校办了五年，于解放前夕停办。解放后，于1949年秋季经县人民政府批准同意，把校产、学籍并入县中。
1951年4月7日，县中与文光中学合并为“福清中学”。由县长李毅兼任校长，陈云官、林智彪任副校长，将原县中定为校本部，原文光中学校园定为二部，龚厝祠定为三部，原明义中学留下的部分校舍定为四部，较场埔做为学校运动场。
1955年，吕冠超同志任副书记兼副校长，主持福清中学工作。牟广钦同志为第二副校长。是年，经省厅批准，改名为“福清第一中学”。这时校舍面积较1951年并校时增加了63%，已有教室35间，宿舍能容纳师生860人，学生数猛增至1932人，比并校时增长61.4%。
1958年，在当时“大跃进”思潮驱动下，“福清大学”成立，福清一中也并入。由于严重脱离实际，三个月后各部解体，福清一中恢复原校名。
1961年，张端机同志任校长，吕冠超同志专任支部副书记兼副校长。时值三年困难时期，张端机同志千方百计，采取各种措施，关心师生生活，苦撑渡过难关，保证教学工作正常进行。
由于校领导办学指导思想明确，办学质量有了突飞猛进：连续几年高考成绩居全省上游，大批学生进入全国名牌大学，学校也因此于1963年7月被列为福建省41所重点中学之一。这是福清一中历史上的一次飞跃。这一时期，学校新建了“跃进楼”、“七一楼”、大礼堂、厨房、食堂等。并在资金非常困难的情况下，先后砌起了两千多米的环校围墙，使一中的校园面积扩至134亩，成为全省中学中校园面积最大的学校之一，从而为一中的未来发展提供了广阔的空间。
1966年6月，“文化大革命”开始。十年动乱，给福清一中带来一场空前浩劫：学生“停课闹革命”，教学秩序荡然无存；校领导被打成“走资派”、“特嫌”、“阶级异已分子”，无法行使领导职权；90多位教职员工被打成“反动学术权威”、“牛鬼蛇神”，遭到残酷斗争，无情打击；1969年-1970年，全部校舍被“支左”部队机关占用；1971年，二部宿舍被强行长期“外借”，部分师生“无家可归”——至此，一所闻名的省重点中学被糟蹋得不成样子。
1972年2月，“工宣队”治校结束。方存泰同志任校革委会主任兼党支部书记，林友来同志任革委会副主任。1973年5月，方存泰调任县教育局局长，林友来同志接任革委会主任兼党支部书记，郭又生同志任革委会副主任。林友来同志主持全面工作后，一中党支部对许多重大问题，如“马振扶”事件，批林批孔，反击右倾翻案风波，进行了一定抵制，并且大胆管理，积极疏导，保持了学校基本稳定，使学校在动乱中少受损失。
1976年，林友来同志继续担任校长兼书记，唐超、林贞瑞、陈玄梅同志任副校长。领导班子团结一致，全力以赴，紧跟全国拨乱反正的大好形势，一手抓整顿教育教学秩序，一手坚决纠正冤假错案，在短短时间内为89位教职员平反，同时广开“才”路，把一批所谓有问题、被下放的原骨干教师调回来，并通过协商、调进了一批兄弟学校的名师，使当时的一中拥有了一支第一流的师资队伍。与此同时，学校班子还花大力气整顿校风，强调领导作风是关键，领导作风带动教风，教风影响学风。坚持以身作则，从严治校，强化管理，经过几年的艰苦努力，形成了“严、勤、实、活”的有福清一中特色的良好校风。由于班子精神状态好，敢抓敢管，校风好、师资强，恢复高考后，学校的教学质量很快在全省重点中学中跃居前列。
在此基础上，1980年，经过省教育厅严格验收，学校被省人民政府确定为全省首批办好的十六所重点中学之一，也是全省唯一的一所县所在地的首批中学；学校规格定为县团级，由福州市直接管理。
1984年，学校组成新一届领导班子，林友来同志连任校长兼党总支书记，唐超同志任副书记，周继光、郑荣麟、陈道端同志任副校长。这一时期，作为首批重点中学必须承担的示范性、试验性的任务，作为省教育厅明确提出要把福清一中办成一所“高质量、第一流、有特色”的全省名校的要求，新班子承传了前届班子“团结、务实、高效”的领导作风，继续大力阔斧地对学校教育、教学、教研、后勤总务等职能部门的管理体制和管理形式进行了一系列重大改革，制定了一整套的规章制度。特别是认真学习东北师大附中校内管理体制改革的新鲜经验，结合本校实际，在我省中学系统中率先试行以年级负责制为中心的“教导统一，加强年级，重视教研，各司其职”的管理体制，实行年级对学生德智体全面负责，三年全过程负责，初高中教师全部实行小循环，三年一跟到底，把教育教学的过程管理与目标管理结合起来，强化教师的责任意识。同时充实、加强校一级教研室，明确规定教务处与教研室、教研组，年级与备课组的职责及其相互关系，以实现条块结合、教导统一，务求思想教育、教学管理、教研活动都得到加强和落实，从而形成有自己特色，至今仍在沿用的学校管理新模式，受到省内外同行的瞩目和一定程度的肯定。
1987，唐超同志出任校长，林友来同志任党总支书记，周继光、陈道端同志续任副校长。唐超同志主持学校工作期间，正值“六四”政治风波前后的非常时期。他秉持其“一身正气，任劳任怨，朴实无华”的一贯作风，继续巩固几年来的改革成果，并细致规定，虚事实做，建立了校级——年级——班级的三级德育工作管理体系，把学生的行为规范训练与思想品德教育落到实处。同时，唐超同志坚决执行党总支对“政治风波”的四条措施：一、稳定第一、不要卷入；二层层动员，强调组织纪律；三、积极防范，不出漏子；四、分工负责，做大学校友工作。由于工作扎实，措施得力，因此学校工作不受干扰，教学秩序井然不乱。在他主持工作的三年时间，学校获得了全国、省、市、县各级嘉奖不下30项。
1990年2月，周继光同志晋升为校长，唐超同志改任党总支书记，两人分别主持校务、党务工作。1991年9月班子调整，周继光同志继续任校长，93年林世甲、魏公庆、陈道端同志任副校长，黄献荣同志任专职党总支副书记，1993年后兼副校长。1996年、1998年又分别增补林修轩、余孔水同志为副校长。本届领导班子处于新老领导人交替时期，因此十分重视内部的思想作风建设，维护班子内部的团结。同时，根据当时的政治形势，学校强化了学生的政治思想工作，并在人员配备和经费等方面向德育“倾斜”。确立学校“教书育人、环境育人、管理育人、服务育人”德育理念，构成“学校、家庭、社会”三结合德育框架，明确“全员育人、全程负责、全方位、多渠道、多形式、多层次进行育人”途径，以“寓教于乐、寓教于活动”为主要形式，以“自我教育、自我管理”为主要原则，形成福清一中德育特色。
1995年，为落实党中央的科教兴国战略，向国家名牌大学输送更多优秀的生源，福建省教育厅决定，原省重点中学，一律与初中脱钩，专办高中，以集中精力，完成重点校的示范性和试验性任务。这为一中指出新方向、新起点，同时又是福清一中实现再一次飞跃的新挑战、新机遇。
考虑到3年后福清一中初中部停止招生。为保证学校有一定量稳定优秀的基本生源，同时解决初高中脱钩后只适应于初中教学的教师去向问题，以保证学校的稳定、安定局面，1995年，学校果断决定与社会企业联办“私立文光中学”。
1996年，福清一中开始与初中脱钩的体制转换。并于是年通过了省教育厅的考核验收，成为省一级达标学校。
为达到示范校对办学硬样的要求，改善办学条件，周继光同志四处奔波，争取侨胞、校友及其他社会力量“八方抬教”，加上上级行政拨款，共筹资数百万巨款，先后盖起教工新单元房50套，兴建七层元洪宿舍楼一座、科学楼一幢、融侨教学楼一座、“功荣明”办公楼一座。
为了体现尊师重教，使离退休教师老而安度晚年，提高学校凝聚力并资助品学兼优的特困生完成学业，1993年，学校动员各种社会力量，争取侨胞、校友投资70万，盖“尊师楼”一座，并建立了“离退休教职员百万元基金”和“特困生基金”，加上前此成立的“离退休教师联谊会”，这四措施为福建省中学首创。
1997年林世甲同志升任为校长，周继光同志任总支书记，黄献荣同志为副书记兼副校长，魏公庆同志续任副校长（分管私立文光中学），林修轩、余孔水同志任副校长（分别分管教学、后勤）。
本届领导班子用了较大精力，投巨资兴建了高档次多功能体育馆和高规格塑胶标准体育场，实现了我校师生的多年愿望，并为升格为省级、国家级高中示范校，进一步创造了设施条件。
2001年，福清一中管理权下放，由原来的福州市直管，转为福清市地方管理。
2002年9月，林日丹同志调任福清一中校长（此前，魏公庆副校长、周继光书记、林世甲校长先后退休），黄献荣同志升任党总支书记；是年9月，郭成德、林敦述同志提为副校长，吕愉平同志任总支副书记兼工会主席（98年10月担选工会主席）。
林日丹同志根据我校当时的校情和现代教育管理的要求，引进了现代管理理念，花大力气修改、充实、完善了现有各系统各职能部门的规章制度和岗位职责；建设各类可量化可具体操作的评价体系和标准，使之更趋科学化；并且在中层干部的任用上引进了竞争机制，采用了聘任制，从而保持了职能部门管理机制的活力；同时，根据管理行为学的激励理论，改革了学校以往的奖励办法，大胆打破“大锅饭”奖励分配制度，把目标导向和奖励措施结合起来，从而建立了相对公平、公正、科学的激励机制。
领导班子还以“养成教育”和“公民道德规范教育”为基本内容，加强未成年学生的德育工作。学校一方面继续强化教书育人，管理育人，服务育人，家、校社会联合育人，另一方面还十分重视环境的育人作用。2004年8月，建成了“书山叠水，学海扬帆”内涵丰富的主题校园景观。
新班子高度重视“创一流品牌，争一流质量，建一流学校”的奋斗目标，制定了实事求是的教学奋斗目标，实现高考升学率各项指标“稳中有升”计划。2004，我校高考各项指标在2003年的基础上又有了新的突破：“本科一”达47%，本科率达94%，理科个人总分、理科综合个人成绩以及英语个人单科成绩，三项均获福州地区第一名。
为使我校发挥达标校示范性和试验性的龙头作用，办学效应向周边兄弟校辐射，以带动兄弟学校共同发展，两年来，我校与融城中学、元载中学、三华中学、元洪高中和龙翔学校等合作，建立“一中教研片”，组织本片教师互相听课、评课，组织教学经验交流和教研活动，向兄弟校提供教研资料，达到资源共享、优势互补、共同提高的目的。
为适应现代教育改革和发展需要，学校大力发展现代教育技术。2003年8月，由中央财政专项补助的“现代教育技术中心综合教学大楼”落成，通过验收并投入使用。与此同时，学校“校园网”的主设备也同步完成安装调试工作，学校的网站建成开通，并建成两套远程卫星接收设备，充实了学校资源。
学校还制定有关措施激励广大教师掌握并使用现代教育技术，已有90%的适龄教师通过NIT考试，通过利用校内资源进行网络应用、网络课件制作培训，信息技术与学科教学的整合正逐步进入课堂教学，与此同时，学校各职能部门，实现了办公自动化。这标志着福清一中教育、教学、管理的现代化进程又迈上了新台阶。